Se han descrito 102 especies de mamíferos, 49 especies de anfibios, 109 especies de reptiles, 561 especies de aves, 437 especies de peces en las costas de la Sierra de Los Tuxtlas, 359 especies de lepidópteros, 133 especies de Odonatos y 530 especies de Papilionoideos. Algunas especies de mamíferos presentes en la región, amenazados o en peligro de extinción, son: Grison (Galictis canaster); Jaguar (Panthera onca); Jaguarundi (Felis yaqouaroundi); Mono Araña (Ateles geoffroyi); Mono Saraguato o Aullador (Alouatta palliata); Nutria (Lutra longicaudis); Ocelote (Felis pardalis); Oso Hormiguero (Tamandua mexicana); Mico de Noche (Cylopes didactylus); Tigrillo (Felis miedi); Tlacuache de Agua (Chironectes otnimus); Tlacuachillo Dorado (Caluromis derbianus); Puerco espín (Coendu mexicanus). Anfibios y reptiles: Perritos (Anolis sericeus); Nauyaca (Bothrops asper); caimán (Claudius angustatus); Lagarto (Cocodrylus moreleti); Rana arborícola (Hyla picta); Iguana verde (Iguana iguana); Galápago (Staurotypus tripocatus). Los Tuxtlas es la zona de reproducción más rica en aves de este país. Del total de especies registradas, 223 son migratorias neártico- neotropicales. Varias familias de aves que se presentan en Los Tuxtlas están en el limite norteño de su distribución en México, como Galbulidae, Bucconidae, Pipridae, Cotingidae. Igualmente, Los Tuxtlas es el limite norte de distribución de varias especies como Crypturellus soui, Accipiter bicolor, Columba speciosa, Dendrocolapters certhia, Taraba major, Ornithion semiflabum, Leptopogon amaurocephallus. En Los Tuxtlas se encuentran los siguientes Taxas endémicos: Campylopterus excellens (única especie endémica), Geotrygon lawrencii carrikeri, Empidonax flavescensimperturbatus, Myioborus miniatus molochinus, Euphonia gouldi loetscheri, Atlapetes brunneinucha apertus, Cholorspingus aphthakmicus wetmorei (seis subespecies).
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